公司注銷需要補交的稅務有：房屋租賃稅、實收資本印花稅、賬本印花稅以及各類欠稅和罰款。如果是一般納稅人的公司，注銷時應當將公司的已經抵扣增值稅的資產補繳增值稅，股東權益的部分應當繳納所得稅，具體數額按照稅務局核定的繳納。
房屋租賃稅補交
房屋租憑稅本來是由注冊公司地址的房東每月向街道繳交的，所以在注銷公司是最好詢問房東，看其是否交過房屋租賃稅，如果沒有就必須到地稅補交齊（自開租到終止期間）按租金的12%繳稅。
實收資本印花稅
公司注銷時根據相關規(guī)定，及時注冊資本未到位也是需要補交印花稅的
賬本印花稅
印花稅稅目中的營業(yè)賬簿歸屬于財務賬簿，是按照財務會計制度的要求設置的，反映生產經營活動的賬冊。
各類欠稅和罰款
如果不補交各類欠稅和罰款是不能直接注銷的。根據《中華人民共和國公司法》規(guī)定，注銷公司依法依照：“依法成立清算組——公告并通知債權人申報債權，依法對債權進行登記——清算組接管公司，展開清算工作——清算組全面清理公司財產、編制資產負債表和財產清單——制定清算方案，并報股東會、股東大會或者人民法院確認——根據股東會、股東大會或者人民法院確認的清算方案分配公司財產——制作清算報告，報股東會、股東大會或者人民法院確認后，申請注銷公司登記”這些步驟才能夠辦理注銷登記。
公司注銷前必須經過稅務檢查，檢查無問題才能注銷稅務登記，如果要補交稅，肯定是稅務檢查有問題，所以，首先要看是公司什么問題，是否存在稅務機關認定的未交稅行為；沒問題的企業(yè)注銷稅務機關是不會收取費用的。