廈門海關始設于1684年，至今已有330年的歷史。目前下轄19個內(nèi)設機構（副廳級1個，正處級18個），7個隸屬海關（副廳級1個，正處級6個），6個派駐機構，6個緝私分局和3個事業(yè)單位，另有海關學會、報關協(xié)會和統(tǒng)計學會3個社會團體?，F(xiàn)有關警員2035人（關員1651人、警員384人），平均年齡39歲，黨員比例69.74%，大學本科以上比例78.21%；離退休人員220人。另有執(zhí)勤武警官兵370人。

廈門關區(qū)地處海峽西岸中心區(qū)域和對臺工作前沿，管轄范圍包括廈門、漳州、泉州和龍巖4地市，總面積4.42萬平方公里，海岸線長1474公里。關區(qū)主要有三個突出特點：一是開放型經(jīng)濟發(fā)展水平較高。關區(qū)現(xiàn)有2個空港口岸、3個海港口岸和17個開放港區(qū)；有外商投資企業(yè)1.9萬家，各類監(jiān)管場所76個，進出口總值約占福建省近8成。二是業(yè)務門類齊全。關區(qū)海、陸、空、郵、加貿(mào)等監(jiān)管業(yè)務一應俱全，設有保稅港區(qū)、保稅區(qū)、出口加工區(qū)、保稅物流園區(qū)等海關特殊監(jiān)管區(qū)域4處、陸地港2處。此外，郵輪監(jiān)管、飛機維修監(jiān)管等業(yè)務也頗具規(guī)模。三是對臺特色鮮明。廈門市是全國唯一的對臺海運快件試點城市，是全國最大的臺灣水果進口集散地，大嶝對臺小額商品交易市場為全國首家，廈金、泉金直航“小三通”已成為兩岸交流往來的“黃金通道”，廈金建立了郵包總直封關系，對臺交流交往進一步密切，關區(qū)對臺監(jiān)管業(yè)務發(fā)展迅猛。

十三屆全國人大一次會議審議通過的《國務院機構改革方案》明確“原國家質量監(jiān)督檢驗檢疫總局的出入境檢驗檢疫管理職責和隊伍劃入海關總署”，目前關區(qū)轉隸工作已完成，機構職能、組織機構相關信息待新“三定”方案后更新。