下設(shè)機構(gòu)：總值班室、機要檔案科、文秘科、新聞辦、外事辦。

2、關(guān)稅處
承擔(dān)關(guān)區(qū)綜合治稅牽頭推動相關(guān)工作。
工作聯(lián)系電話：0592-2355100
下設(shè)機構(gòu)：原產(chǎn)地管理科、稅則稅政科、估價征管科、關(guān)稅征管科。

3、衛(wèi)生檢疫處
承擔(dān)海關(guān)衛(wèi)生檢疫相關(guān)工作制度、技術(shù)規(guī)范的相關(guān)工作。
工作聯(lián)系電話：0592-2355913
下設(shè)機構(gòu)：檢疫管理科、衛(wèi)生監(jiān)督科、疾病監(jiān)測科。

4、動植物檢疫處
承擔(dān)出入境動植物、動植物產(chǎn)品和其他應(yīng)檢物檢疫監(jiān)管工作制度的相關(guān)工作。
工作聯(lián)系電話：0592-2355920
下設(shè)機構(gòu)：動檢科、植檢科。

5、進(jìn)出口食品安全處
承擔(dān)進(jìn)出口食品、化妝品安全相關(guān)工作。
工作聯(lián)系電話：0592-2355931
下設(shè)機構(gòu)：食品安全一科、食品安全二科、食品安全三科。

6、商品檢驗處
承擔(dān)進(jìn)出口商品法定檢驗和監(jiān)督管理相關(guān)工作。
工作聯(lián)系電話：0592-2355954、2355958
下設(shè)機構(gòu)：商品檢驗一科、商品檢驗二科。

7、綜合業(yè)務(wù)處
承擔(dān)海關(guān)全國通關(guān)一體化、日常業(yè)務(wù)綜合協(xié)調(diào)、業(yè)務(wù)改革推進(jìn)、知識產(chǎn)權(quán)海關(guān)保護(hù)等相關(guān)工作。
工作聯(lián)系電話： 0592-2356073
下設(shè)機構(gòu)：業(yè)務(wù)協(xié)調(diào)科、通關(guān)管理科、改革發(fā)展科、知識產(chǎn)權(quán)科。

8、法規(guī)處
承擔(dān)關(guān)區(qū)法治海關(guān)建設(shè)工作，組織推動依法行政工作。
工作聯(lián)系電話： 0592-2355816
下設(shè)機構(gòu)：法制協(xié)調(diào)科、復(fù)議應(yīng)訴科。

9、自貿(mào)區(qū)和特殊區(qū)域發(fā)展處
承擔(dān)自由貿(mào)易試驗區(qū)監(jiān)管制度創(chuàng)新推動相關(guān)工作，承擔(dān)海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域、保稅物流中心設(shè)立、變更、退出相關(guān)初審工作。
工作聯(lián)系電話： 0592-2355202、2355198
下設(shè)機構(gòu)：自貿(mào)區(qū)建設(shè)科、保稅監(jiān)管科、特殊區(qū)域科。

10、口岸監(jiān)管處
承擔(dān)進(jìn)出境運輸工具、貨物、物品、動植物、食品、化妝品和人員的海關(guān)檢查、查驗、檢驗、檢疫、物流監(jiān)控、監(jiān)管作業(yè)場所等相關(guān)口岸監(jiān)管工作。
工作聯(lián)系電話： 0592-2355161
下設(shè)機構(gòu)：運行監(jiān)控科、物流管理科、查驗管理科、快件郵件管理科、行李物品管理科。

11、統(tǒng)計分析處
承擔(dān)進(jìn)出口貨物貿(mào)易統(tǒng)計、業(yè)務(wù)統(tǒng)計、報關(guān)單數(shù)據(jù)和單證管理、業(yè)務(wù)數(shù)據(jù)安全管理、統(tǒng)計分析研究、監(jiān)測預(yù)警、統(tǒng)計調(diào)查、統(tǒng)計服務(wù)等相關(guān)工作。
工作聯(lián)系電話： 0592-2355319、2355325
下設(shè)機構(gòu)：統(tǒng)計調(diào)查科、分析研究科、數(shù)據(jù)管理科。

12、企業(yè)管理和稽查處
承擔(dān)關(guān)區(qū)企業(yè)資質(zhì)管理，企業(yè)信用管理，企業(yè)稽查、核查、貿(mào)易調(diào)查等相關(guān)工作。
工作聯(lián)系電話： 0592-2355229、2355251
下設(shè)機構(gòu)：執(zhí)法規(guī)范科、稽核查管理科、資質(zhì)管理科、信用管理科。

13、財務(wù)處
承擔(dān)關(guān)區(qū)財務(wù)管理、關(guān)務(wù)保障、資產(chǎn)管理等相關(guān)工作。
工作聯(lián)系電話： 0592-2355587
下設(shè)機構(gòu)：稅費事業(yè)科、預(yù)算稽核科、經(jīng)費科、緝私經(jīng)費科、資產(chǎn)管理科、私貨管理科。

14、科技處
承擔(dān)關(guān)區(qū)科技裝備保障、網(wǎng)絡(luò)基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)、信息系統(tǒng)、實驗室管理等相關(guān)工作。
工作聯(lián)系電話： 0592-2355635
下設(shè)機構(gòu)：科研與實驗室管理科、政務(wù)應(yīng)用科、業(yè)務(wù)應(yīng)用科、網(wǎng)絡(luò)通信科、安全運行科。

15、督察內(nèi)審處
承擔(dān)關(guān)區(qū)執(zhí)法監(jiān)督、執(zhí)法評估、內(nèi)部控制、內(nèi)部審計等相關(guān)工作。
工作聯(lián)系電話： 0592-2356089
下設(shè)機構(gòu)：審計科、督察科、內(nèi)控科、執(zhí)法評估科。
16、人事處（黨委組織部）
承擔(dān)關(guān)區(qū)人事管理、工資管理、干部管理工作，承擔(dān)廈門海關(guān)黨委組織部相關(guān)工作。
工作聯(lián)系電話： 0592-2355900
下設(shè)機構(gòu)：干部監(jiān)督科、干部管理科、人事管理科、工資機構(gòu)編制科。

17、教育處
承擔(dān)關(guān)區(qū)教育培訓(xùn)工作。
工作聯(lián)系電話： 0592-2356037
下設(shè)機構(gòu)：教育科、培訓(xùn)科。

18、機關(guān)黨委（思想政治工作辦公室、黨委宣傳部、黨委巡察工作辦公室）
承擔(dān)關(guān)區(qū)黨群、工會、團(tuán)委、婦委會、文聯(lián)、黨風(fēng)廉政建設(shè)日常工作。承擔(dān)廈門海關(guān)黨委宣傳部、黨委巡察工作辦公室各項工作。
工作聯(lián)系電話： 0592-2355838
下設(shè)機構(gòu)：宣傳科、組織科、群團(tuán)工作科、準(zhǔn)軍黨廉建設(shè)科、巡察一科、巡察二科。

19、監(jiān)察室（黨委紀(jì)檢組）
承擔(dān)監(jiān)督關(guān)區(qū)各級領(lǐng)導(dǎo)班子落實全面從嚴(yán)治黨主體責(zé)任，審查違反黨紀(jì)案件、調(diào)查政務(wù)處分案件、提出問責(zé)建議、指導(dǎo)協(xié)調(diào) “一案雙查”等工作。承擔(dān)廈門海關(guān)黨委紀(jì)檢組各項工作。
工作聯(lián)系電話：0592-2028747
下設(shè)機構(gòu)：審理科、審查科、監(jiān)督科。

20、離退休干部辦公室
承擔(dān)離退休干部相關(guān)工作，指導(dǎo)隸屬海關(guān)單位離退休干部工作。
工作聯(lián)系電話：0592-2355885
下設(shè)機構(gòu)：服務(wù)保障科、醫(yī)療保健科。