巴音郭楞蒙古自治州審計局主要職責：

（一）主管全州審計工作。
（二）起草地方性審計規(guī)范性文件，貫徹執(zhí)行審計法律法規(guī)規(guī)章、國家審計準則和指南并監(jiān)督執(zhí)行。
（三）向自治州黨委、自治州黨委審計委員會、自治州人民政府以及受自治州人民政府委托向自治州人大常委會分別提出年度自治州預算執(zhí)行和其他財政支出情況審計報告、審計結果報告、審計調查情況及結果、審計工作報告、審計查出問題整改情況報告等。
（四）根據(jù)自治州年度審計項目計劃依法審計，出具審計報告，在法定職權范圍內作出審計決定。
（五）按規(guī)定對屬于本級審計機關審計監(jiān)督對象的黨政主要領導干部及其他單位主要負責人實施經(jīng)濟責任審計和自然資源資產離任審計。
（六）組織實施對國家財經(jīng)法律法規(guī)、規(guī)章、政策和宏觀調控措施執(zhí)行情況、財政預算管理及國有資產管理使用等與國家財政收支有關的特定事項進行專項審計調查。
（七）依法檢查審計決定執(zhí)行情況，督促整改審計查出的問題，依法辦理被審計單位對審計決定提請行政復議、行政訴訟或自治州人民政府裁決中的有關事項。
（八）指導和監(jiān)督內部審計工作，核查社會審計機構對依法屬于審計監(jiān)督對象的單位出具的相關審計報告。
（九）與縣市黨委和政府共同領導縣市審計機關。
（十）指導和推廣信息技術在審計領域的應用。
（十一）承辦自治州黨委、自治州人民政府交辦的其他事項。