（一）貫徹執(zhí)行國家、省、市衛(wèi)生工作方針、政策和法律法規(guī)，推進醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革，擬定全縣衛(wèi)生工作政策、規(guī)章，制定各項衛(wèi)生技術(shù)標準并監(jiān)督實施。

（二）制訂并組織實施全縣衛(wèi)生事業(yè)發(fā)展的總體規(guī)劃和計劃；研究制訂全縣區(qū)域衛(wèi)生規(guī)劃、統(tǒng)籌規(guī)劃與協(xié)調(diào)全縣衛(wèi)生資源配置；制訂社區(qū)衛(wèi)生服務發(fā)展規(guī)劃和服務標準，并指導實施。
  （三）制訂全縣衛(wèi)生人才發(fā)展規(guī)劃和衛(wèi)生人員職業(yè)道德規(guī)范，并組織實施。
    （四）研究指導全縣醫(yī)療機構(gòu)改革對衛(wèi)生機構(gòu)貫徹實施醫(yī)療質(zhì)量標準和服務規(guī)范實行監(jiān)督。
    （五）組織實施國家藥物政策和基本藥物制度，監(jiān)督實施藥品法典和國家基本藥物目錄。
    （六）承擔食品安全綜合協(xié)調(diào)，組織查處食品安全重大事故的責任，監(jiān)督實施食品安全標準，負責食品及相關產(chǎn)品的安全風險評估、預警工作，統(tǒng)一發(fā)布重大食品安全信息。加強對全縣食品藥品安全工作的指導和監(jiān)督。
    （七）貫徹執(zhí)行黨的中醫(yī)政策和中醫(yī)藥法律、法規(guī)。中西醫(yī)并重的方針，推進中醫(yī)藥的繼承與創(chuàng)新，制定全縣中醫(yī)人才培訓和中醫(yī)事業(yè)發(fā)展規(guī)劃，并組織實施。
    （八）貫徹預防為主方針，制訂社區(qū)健康教育規(guī)劃，組織開展全民健康教育和衛(wèi)生宣傳，開展愛國衛(wèi)生運動；研究制訂對人民群眾健康危害疾病的控制規(guī)劃，組織對傳染病、地方病和常見病、多發(fā)病等重大疾病的綜合防治。
    （九）組織制定全縣衛(wèi)生監(jiān)督發(fā)展規(guī)劃和政策措施、規(guī)劃并指導衛(wèi)生監(jiān)督體系建設，指導規(guī)范衛(wèi)生行政執(zhí)法工作，按照職責分工負責職業(yè)衛(wèi)生、放射衛(wèi)生、勞動衛(wèi)生、環(huán)境衛(wèi)生和學校衛(wèi)生的監(jiān)督管理，負責公共場所和飲用水的衛(wèi)生安全監(jiān)督管理，負責傳染病防治監(jiān)督。
    （十）組織制定全縣社區(qū)衛(wèi)生、婦幼衛(wèi)生、健康教育的發(fā)展規(guī)劃和政策措施，組織指導初級衛(wèi)生保健規(guī)劃和母嬰保健專項技術(shù)的實施，負責婦幼保健的綜合管理和監(jiān)督。
    （十一）組織制定全縣農(nóng)村衛(wèi)生發(fā)展規(guī)劃和政策措施，規(guī)劃并指導農(nóng)村衛(wèi)生服務體系建設。
    （十二）研究制定全縣醫(yī)學科學研究發(fā)展規(guī)劃，組織醫(yī)藥科研成果評定、推廣、應用和開發(fā)；對重大醫(yī)藥衛(wèi)生科研組織攻關，積極推動醫(yī)藥科技為衛(wèi)生事業(yè)發(fā)展服務。
    （十三）制定衛(wèi)生應急預案和政策措施，規(guī)劃并指導衛(wèi)生應急體系建設，負責突發(fā)公共衛(wèi)生事件監(jiān)測預警和風險評估，指導開展突發(fā)公共衛(wèi)生事件預防控制與應急處置工作，發(fā)布突發(fā)公共衛(wèi)生事件應急處置信息。遇有重大突發(fā)事件和自然災害，在縣政府統(tǒng)一領導下，組織調(diào)度全縣衛(wèi)生技術(shù)力量協(xié)助政府和有關部門搶救傷病員，防止和控制疾病的發(fā)生和蔓延。
    （十四）負責全縣醫(yī)療衛(wèi)生單位職工道德教育、法制教育，促進衛(wèi)生行業(yè)的社會主義精神文明建設。建立和完善全縣衛(wèi)生信息系統(tǒng)管理和做好各項財務、衛(wèi)生統(tǒng)計匯總和上報工作。
    （十五）負責局機關和直屬醫(yī)療衛(wèi)生單位的組織人事、勞動工資、職稱改革的管理工作。
    （十六）承擔縣地方病防治領導小組和縣政府艾滋病防治工作委員會的具體工作。
    （十七）承辦縣政府交辦的其它工作。

杞縣衛(wèi)生健康委員會機關內(nèi)設9個科室，分別辦公室、人事股、財務股、醫(yī)改辦、中醫(yī)股、疾控股、醫(yī)政股、公衛(wèi)辦、行政審批股和29個歸口預算管理所屬二級單位。