馬尾海關(guān)是受福州海關(guān)直接領(lǐng)導(dǎo)，按授權(quán)負(fù)責(zé)馬尾區(qū)、長樂區(qū)行政轄區(qū)內(nèi)海港口岸（除長樂區(qū)松下港外）和馬尾區(qū)行政轄區(qū)內(nèi)福州出口加工區(qū)等特殊監(jiān)管區(qū)域海關(guān)各類管理工作的執(zhí)行機(jī)構(gòu)。負(fù)責(zé)黨的基層組織建設(shè)和干部隊伍建設(shè)；辦理具體海關(guān)業(yè)務(wù)，反饋執(zhí)法作業(yè)結(jié)果；承辦上級交辦的其他工作事項。

內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)：

辦公室（黨委辦公室）、人事政工科（黨委組織宣傳部）、行財科、綜合業(yè)務(wù)一科、綜合業(yè)務(wù)二科、法制科、運(yùn)輸工具監(jiān)管科、物流監(jiān)控科、查驗一科、查驗二科、查驗三科、旅檢科、跨境電商監(jiān)管科、亭江監(jiān)管科。