上海浦東海關(guān)，機構(gòu)級別為副廳局級，承擔(dān)上海市浦東新區(qū)（上海浦東國際機場海關(guān)、上海外高橋港區(qū)海關(guān)、洋山海關(guān)、上海外高橋保稅區(qū)海關(guān)、上海鉆石交易所海關(guān)、上?？苿?chuàng)中心海關(guān)管轄區(qū)域除外）的各項海關(guān)業(yè)務(wù)。

機構(gòu)設(shè)置：正處級內(nèi)設(shè)機構(gòu)5個：辦公室（黨委辦公室）、人事政工處（黨委組織宣傳部）、綜合業(yè)務(wù)一處、綜合業(yè)務(wù)二處、物控查檢處；正處級辦事處1個：駐金橋辦事處。科級機構(gòu)46個：文秘科、督辦科、行財科、人事科、政工科、群團(tuán)科、業(yè)務(wù)監(jiān)控科、減免稅科、保稅監(jiān)管一科、保稅監(jiān)管二科、保稅監(jiān)管三科、業(yè)務(wù)監(jiān)控科、船舶監(jiān)管科、辦公室、督審科、綜合業(yè)務(wù)一科、綜合業(yè)務(wù)二科、綜合業(yè)務(wù)三科、綜合業(yè)務(wù)四科、綜合業(yè)務(wù)五科、原產(chǎn)地管理科、物流監(jiān)控一科、物流監(jiān)控二科、物流監(jiān)控三科、物流監(jiān)控四科、物流監(jiān)控五科、物流監(jiān)控六科、物流監(jiān)控七科、查檢一科、查檢二科、查檢三科、查檢四科、查檢五科、查檢六科、查檢七科、查檢八科、查檢九科、企業(yè)管理一科、企業(yè)管理二科、稽查一科、稽查二科、稽查三科、稽查四科、法制科、技術(shù)科、單證檔案管理科。