琿春海關是受長春海關直接領導，按授權(quán)負責指定口岸和區(qū)域范圍內(nèi)海關各類管理工作的執(zhí)行機構(gòu)。主要負責黨的基層組織建設和干部隊伍建設；辦理具體海關業(yè)務，反饋執(zhí)法作業(yè)結(jié)果；完成長春海關交辦的其他工作。
機構(gòu)規(guī)格為正處級，機構(gòu)類型為偏口岸綜合型，管轄范圍為：負責琿春市行政區(qū)劃內(nèi)的屬地和口岸相關海關業(yè)務（按有關規(guī)定實施集約化管理的審批備案業(yè)務和稽查業(yè)務除外）。
內(nèi)設機構(gòu)
琿春海關設下列14個正科級內(nèi)設機構(gòu)：辦公室（黨委辦公室）、人事政工科（黨委組織宣傳部）、綜合保障科、風險監(jiān)控科、綜合業(yè)務科、監(jiān)管一科、監(jiān)管二科、監(jiān)管三科、核查一科、核查二科、綜保區(qū)綜合業(yè)務科、綜保區(qū)監(jiān)管科、鐵路口岸監(jiān)管科、沙坨子口岸監(jiān)管科。
派駐機構(gòu)
1.琿春海關駐圈河辦事處設下列5個正科級內(nèi)設機構(gòu)：圈河口岸綜合業(yè)務科、圈河口岸監(jiān)管一科、圈河口岸監(jiān)管二科、圈河口岸監(jiān)管三科、圈河口岸監(jiān)管四科。
2.琿春海關駐長嶺辦事處設下列4個正科級內(nèi)設機構(gòu)：琿春口岸綜合業(yè)務科、琿春口岸監(jiān)管一科、琿春口岸監(jiān)管二科、琿春口岸監(jiān)管三科。
