為統(tǒng)籌做好2008年北京奧運會場館及配套設(shè)施建設(shè)的綜合組織和協(xié)調(diào)工作，2003年9月經(jīng)市委、市政府批準成立了北京市奧運場館建設(shè)指揮部及其辦公室，并于2004年10月更名為北京市人民政府“2008”工程建設(shè)指揮部及其辦公室，圓滿完成了奧運工程建設(shè)任務(wù)，為奧運會殘奧會成功舉辦提供了有力支撐。2008年9月北京市人民政府“2008”工程建設(shè)指揮部辦公室被黨中央、國務(wù)院授予“北京奧運會、殘奧會先進集體”榮譽稱號。
奧運會結(jié)束后，市編委于2009年1月下發(fā)《關(guān)于北京市人民政府“2008”工程建設(shè)指揮部及辦公室更名等有關(guān)事項的批復(fù)》(京編委〔2009〕1號)，將北京市人民政府“2008”工程建設(shè)指揮部及其辦公室更名為北京市重大項目建設(shè)指揮部及其辦公室。
2009年9月，市政府辦公廳印發(fā)了　《北京市重大項目建設(shè)指揮部辦公室主要職責(zé)內(nèi)設(shè)機構(gòu)和人員編制規(guī)定》(京政辦發(fā)〔2009〕93號)，進一步明確了北京市重大項目建設(shè)指揮部辦公室(正局級，簡稱市重大項目辦)的主要職責(zé)、內(nèi)設(shè)機構(gòu)和人員編制等事項。

1.組織編制本市城市軌道交通工程項目和市政府交辦工程項目(以下簡稱重大項目)建設(shè)總體計劃，并督促檢查計劃執(zhí)行情況。
2.協(xié)調(diào)有關(guān)部門和單位推進重大項目的規(guī)劃、征地、拆遷等前期工作；協(xié)調(diào)市政府有關(guān)部門按總體計劃要求在項目建設(shè)各階段加快辦理各項行政審批手續(xù)。
3.協(xié)調(diào)、解決重大項目建設(shè)中的重大問題；協(xié)調(diào)落實工程建設(shè)安全、質(zhì)量、工期、功能和成本“五統(tǒng)一”要求；承擔(dān)為建設(shè)單位及各參建單位服務(wù)的職責(zé)。
4.協(xié)調(diào)市政府主管部門監(jiān)督重大項目建設(shè)各方貫徹落實有關(guān)安全生產(chǎn)、工程質(zhì)量、資金使用、招標與采購、合同履行等方面法律法規(guī)，落實“陽光工程”的各項要求；參與重大項目建設(shè)工程事故應(yīng)急工作。
5.參與重大項目年度資金使用計劃的編制，協(xié)調(diào)、落實資金計劃的執(zhí)行。
6.組織推動新技術(shù)、新材料、新設(shè)備、新工藝在重大項目建設(shè)中的應(yīng)用。
7.組織協(xié)調(diào)重大項目的竣工驗收、竣工結(jié)算和決算工作。
8.負責(zé)重大項目建設(shè)信息的收集、整理、統(tǒng)計和管理工作。
9.受委托負責(zé)中央單位在京重要建設(shè)項目的組織實施。
10.承擔(dān)北京市重大項目建設(shè)指揮部的具體工作。
11.承辦市政府交辦的其他事項。
12.在北京市棚戶區(qū)改造和環(huán)境整治領(lǐng)導(dǎo)小組及指揮部的領(lǐng)導(dǎo)下，研究擬定本市棚戶區(qū)改造和環(huán)境改造方案，并組織實施；承辦相關(guān)工作會議，督促落實議定事項；匯總、分析并報告相關(guān)工作開展情況；承擔(dān)領(lǐng)導(dǎo)小組、指揮部的日常工作。
13.在北京市2022年冬奧會工程建設(shè)指揮部的領(lǐng)導(dǎo)下，負責(zé)組織擬定北京2022年冬奧會和冬殘奧會由北京市承擔(dān)的奧運場館及相關(guān)配套工程建設(shè)的總體計劃，并組織實施；督促落實指揮部的各項議定事項；協(xié)調(diào)解決工程建設(shè)中的有關(guān)問題；承擔(dān)指揮部的日常工作。