1、辦公室（黨委辦公室）
主要職責：負責汕頭海關機關和黨委日常運轉，承擔安全、保密、檔案、文秘、信訪、外事、政務公開、口岸管理、應急值守、會議管理、公務接待、信息宣傳、新聞輿論、重要文稿起草、督辦等工作。牽頭擬訂機關內(nèi)部管理規(guī)定并組織實施。聯(lián)系和協(xié)調(diào)地方口岸工作。指導和協(xié)調(diào)關史研究工作。承擔黨委辦公室工作。
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2、法規(guī)和綜合業(yè)務處
主要職責：承擔關區(qū)規(guī)范性文件、重大改革和規(guī)章制度合法性審查工作，承擔行政審批管理、知識產(chǎn)權海關保護、海關標準化工作，承擔有關行政復議和行政應訴工作。承擔日常業(yè)務統(tǒng)籌協(xié)調(diào)、綜合管理事項，承擔全國通關一體化相關工作。牽頭落實海關總署重大改革部署，承擔關區(qū)重大改革事項、促進外貿(mào)發(fā)展措施的統(tǒng)籌規(guī)劃、綜合協(xié)調(diào)、整體推進、督促落實工作。牽頭擬訂關區(qū)業(yè)務綜合發(fā)展規(guī)劃，承擔與海關有關的技術規(guī)范的貫徹落實。牽頭落實國家禁止或限制進出境貨物、物品的海關監(jiān)管制度，協(xié)調(diào)開展技術性貿(mào)易措施工作。承擔通關流程標準、申報規(guī)范、通關運行管理工作。
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3、關稅處
主要職責：承擔進出口關稅及其他稅費征管規(guī)定在關區(qū)的組織實施，推動關區(qū)綜合治稅工作，承擔稅收分析、征管質(zhì)量監(jiān)控等工作。承擔進出口商品分類目錄、原產(chǎn)地規(guī)則及簽證管理、海關估價、驗估等相關工作。組織實施國家關稅和進口環(huán)節(jié)稅減免、反傾銷和反補貼措施、保障措施及其他關稅措施。組織實施涉嫌走私、違規(guī)案件偷逃稅款計核工作。
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4、衛(wèi)生檢疫處
主要職責:擬訂關區(qū)出入境衛(wèi)生檢疫監(jiān)管工作制度及口岸突發(fā)公共衛(wèi)生事件處置預案，承擔出入境衛(wèi)生檢疫、傳染病監(jiān)測、衛(wèi)生監(jiān)督、衛(wèi)生處理的監(jiān)督管理以及口岸突發(fā)公共衛(wèi)生事件應對及指導工作。
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5、動植物檢疫處
主要職責：擬訂關區(qū)出入境動植物及其產(chǎn)品檢驗檢疫的工作制度，承擔出入境動植物及其產(chǎn)品檢驗檢疫的管理工作，按分工組織實施風險分析和緊急預防措施，承擔出入境轉基因生物及其產(chǎn)品、生物物種資源檢驗檢疫的管理工作。
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6、進出口食品安全處
主要職責：擬訂關區(qū)進出口食品、化妝品安全和檢驗檢疫的工作制度，承擔關區(qū)進口食品、化妝品的檢驗檢疫、監(jiān)督管理工作，承擔進口食品境外生產(chǎn)企業(yè)注冊管理相關工作，按分工組織實施風險分析和緊急預防措施。依據(jù)多雙邊協(xié)議承擔出口食品相關工作。
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7、商品檢驗處
主要職責：擬訂關區(qū)進出口商品法定檢驗和監(jiān)督管理工作制度并組織實施，承擔進口商品安全風險評估、風險預警和快速反應工作。承擔關區(qū)國家實行許可制度的進口商品驗證工作，監(jiān)督管理法定檢驗商品的數(shù)量、重量鑒定。依據(jù)多雙邊協(xié)議組織落實出口商品檢驗相關工作。
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8、口岸監(jiān)管處
主要職責：組織落實進出境運輸工具、貨物、物品、動植物、食品、化妝品和人員的海關檢查、檢驗、檢疫工作制度，組織落實物流監(jiān)控、監(jiān)管作業(yè)場所及經(jīng)營人、監(jiān)管設備管理工作制度，組織落實進出境郵件快件、暫時進出境貨物、進出境展覽品等監(jiān)管制度。承擔關區(qū)內(nèi)國家禁止或限制進出境貨物、物品的口岸監(jiān)管職能管理工作，海關口岸監(jiān)管環(huán)節(jié)的反恐、防擴散、出口管制等職能管理工作，承擔進口固體廢物、進出口易制毒化學品等口岸監(jiān)管職能管理工作。承擔跨境電商等非貿(mào)業(yè)務的職能管理工作。
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9、統(tǒng)計分析處
主要職責：承擔海關統(tǒng)計制度的組織實施，承擔進出口貨物貿(mào)易統(tǒng)計和海關業(yè)務統(tǒng)計，編制并發(fā)布海關統(tǒng)計資料，開展海關業(yè)務統(tǒng)計分析。承擔對外貿(mào)易形勢和進出口情況分析，撰寫進出口監(jiān)測預警分析報告，發(fā)布海關統(tǒng)計信息。承擔報關單數(shù)據(jù)質(zhì)量監(jiān)控、單證管理工作，推動服務進出口企業(yè)的信息公共服務平臺建設工作。配合總署開展海關服務和推動國家重大開放戰(zhàn)略研究，擬訂關區(qū)海關事業(yè)發(fā)展規(guī)劃。
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10、企業(yè)管理和稽查處
主要職責：承擔海關信用管理制度的組織實施。組織實施海關稽查、核查及貿(mào)易調(diào)查、市場調(diào)查、主動披露等制度。承擔關區(qū)重大敏感、疑難復雜等專項稽查行動的組織、協(xié)調(diào)和指揮等工作。
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11、緝私局
緝私局是全關緝私工作的職能管理部門。負責反走私綜合治理工作；查處走私違規(guī)案件，偵辦走私犯罪案件，開展緝私情報工作；負責跨關區(qū)打擊走私違法犯罪的組織協(xié)調(diào)工作。
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12、財務處
主要職責：擬訂關區(qū)各類資金、專用基金和國有資產(chǎn)、基本建設、政府采購、涉案財物、車船裝備及制裝等管理制度并組織實施；承擔征收的稅費資金和罰沒收入的收繳入庫管理工作；承擔預決算管理工作。
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13、科技處
主要職責：擬訂關區(qū)科技發(fā)展、科技裝備保障、信息化標準規(guī)范、實驗室建設規(guī)劃并組織實施，開展相關科研、技術引進、科技應用項目開發(fā)、推廣和運行的管理，承擔網(wǎng)絡及信息系統(tǒng)安全工作。
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14、督察內(nèi)審處
主要職責：擬訂關區(qū)執(zhí)法監(jiān)督、執(zhí)法評估、內(nèi)控機制和內(nèi)部審計工作制度并組織實施，擬訂關區(qū)領導干部任期經(jīng)濟責任審計和管理審計等制度并組織實施，對關區(qū)貫徹落實中央重大決策部署以及總署黨委、關黨委（黨組）工作部署情況進行督察。
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15、人事處（黨委組織部）
主要職責：承擔干部人事、機構編制、海關關銜、勞動工資、職稱評審、獎懲、因私出國（境）、人才隊伍、工勤人員管理等工作。
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16、機關黨委（思想政治工作辦公室）
主要職責：承擔關區(qū)文化建設、精神文明建設、準軍事化紀律部隊建設、黨風廉政建設等工作。指導關區(qū)黨建、群團線條工作。承擔黨委宣傳部、黨委巡察工作。協(xié)調(diào)辦理政治部相關事務。
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17、監(jiān)察室（黨委紀檢組）
主要職責：承擔關區(qū)反腐敗工作，開展監(jiān)督執(zhí)紀問責，受理檢舉、控告，審查、調(diào)查違紀行為。承擔黨委紀檢組工作。
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19、離退休干部辦公室
主要職責：承擔關區(qū)離退休干部工作，指導相關單位開展離退休人員服務管理工作。
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20、教育處
主要職責：擬訂關區(qū)教育培訓管理制度及工作計劃并組織實施。統(tǒng)籌指導開展各類培訓和考試，協(xié)調(diào)開展教育培訓對外合作工作。承擔兼職教師隊伍和培訓教材管理、在職學歷教育管理工作。
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